## Model configuration |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|

Configure a Covidestim run on a set of priors and input data |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Population estimates for US states and counties |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

## Input dataCovidestim expects two data sources to be present - case data, and death data. These functions allow adding these data sources to the model configuration. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Input observational data |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

## Custom priorsThese functions allow customization of model priors. By default, Covidestim comes with a complete set of priors, which have been tailed for estimation of U.S. counties and states. However, these functions make it possible to override the default parameterizations of the prior distributions, within certain constraints. This allows you to conduct exploratory modeling of other geographies, or test the effect of different priors on estimates.
Helper functions: |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Convert mean/variance stats to shape/rate parameters of gamma distribution |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

## Model execution |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Run the Covidestim model using NUTS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Run the Covidestim model using BFGS |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

## Results |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Summarize a Covidestim run |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Visualize results of a Covidestim run |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

## Example dataCovidestim provides an example NYC dataset to try running the model with. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Example NYC case/death data |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Helper function for manipulation of prior-related list-structures |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

The 'covidestim' package. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

When adding priors, we want to be sure that a new 'modelconfig' object is created, in order to check these priors |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

High level description of the function |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Estimated IFR for US counties and states |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Model configuration object. It can be modified through overloading the addition operator |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Specialization for 'priors' classes. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

An overloaded addition operator, dispatched on the type of the lhs argument. |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Priors on probability of diagnosis |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Priors on diagnostic delays |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Fixed values on delay to progression |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Fixed distributions on reporting delays |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Priors for transitions |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||

Summarize internal parameters of a Covidestim run |